Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Θάσου κτίστηκε το 1935 για να στεγάσει τα πολλά και σημαντικά ευρήματα που είχαν έλθει στο φως από τα τέλη του 19ου αιώνα. Οι συνεχιζόμενες έρευνες δημιούργησαν την ανάγκη επέκτασης του Μουσείου. Για το λόγο αυτό, κατά τα έτη 1989-1999, κατασκευάστηκε νέα πτέρυγα, με κονδύλια προερχόμενα από εθνικούς πόρους, το ΤΑΠ και την Eυρωπαϊκή Ένωση. Το έργο της «Νέας μόνιμης έκθεσης και των υποδομών που τη στηρίζουν» πραγματοποιήθηκε με αυτεπιστασία από την ΙΗ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Καβάλας (2003-2009), με κονδύλια του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, ενταγμένο στο ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης. To Μουσείο έχει σήμερα συνολικό εμβαδόν 2.376 τ.μ. Η νέα μόνιμη έκθεση καλύπτει 1.400 τ.μ., ενώ στους υπόλοιπους χώρους έχουν διαμορφωθεί αίθουσες μελέτης και αποθήκευσης, εργαστήρια συντήρησης και γραφεία.
Η αυλή του Μουσείου λειτουργεί ως πρόσβαση και χώρος αναψυχής και παράλληλα φιλοξενεί και την έκθεση ογκωδών γλυπτών, αρχιτεκτονικών μελών, επιγραφών και ψηφιδωτών. Στην αίθουσα υποδοχής (αίθουσα 1) εκτίθεται ένας εντυπωσιακός αρχαϊκός κούρος, εμβληματικό εύρημα της Θάσου, συνοδευόμενος από ψηφιοποιημένο εποπτικό υλικό για την ιστορία και τις τεχνικές της μεγάλης γλυπτικής.
Στο πρώτο τμήμα της έκθεσης (αίθουσες 4-5) ο θεατής θαυμάζει αντικείμενα που εκτίθενται για πρώτη φορά και αφορούν στην προϊστορία του νησιού, από την παλαιολιθική εποχή μέχρι την εποχή του Σιδήρου. Συγκεκριμένα, εκτίθενται εργαλεία από το παλαιολιθικό ορυχείο ώχρας στις Τζίνες, μοναδικό για τον ελλαδικό χώρο. Εκτίθενται επίσης εργαλεία, αγγεία, κοσμήματα και μικροαντικείμενα από τους προϊστορικούς οικισμούς του νησιού, μερική αναπαράσταση ενός σπιτιού της ύστερης εποχής του Χαλκού και ενός τάφου της εποχής του Σιδήρου. Εντυπωσιακές είναι οι λίθινες ανθρωπόμορφες στήλες από τον οικισμό της πρώιμης εποχής του Χαλκού στη Σκάλα Σωτήρος.
Αρχαιολογικοί Χώροι 
