Το κτίριο του μουσείου βρίσκεται στη καρδιά του ιστορικού κέντρου της Καλαμάτας, εκεί όπου παλιά βρισκόταν η Δημοτική Αγορά της πόλης, βόρεια του βυζαντινού ναού των Αγίων Αποστόλων. Μετά τον καταστροφικό σεισμό του 1986 το οικοδόμημα της αγοράς κατεδαφίστηκε λόγω των σοβαρών ζημιών που είχε υποστεί. Το νέο οικοδόμημα που κατέλαβε τη θέση του, παραχωρήθηκε από το Δήμο Καλαμάτας στο Υπουργείο Πολιτισμού, προκειμένου να λειτουργήσει ως αρχαιολογικό μουσείο, τα εγκαίνια του οποίου έγιναν τον Ιούνιο του 2009.
Στόχος της έκθεσης είναι η όσο το δυνατόν πληρέστερη παρουσίαση των αρχαιοτήτων της Μεσσηνίας διαχρονικά, δηλαδή από τους προϊστορικούς χρόνους έως και τη βυζαντινή εποχή, προκειμένου ο επισκέπτης κατά την περιήγησή του στις επιμέρους εκθεσιακές ενότητες, να αποκτά σφαιρική αντίληψη της πολιτισμικής εξέλιξης κάθε περιοχής διά μέσου των αιώνων. Ακολουθώντας την παλιά γεωγραφική διαίρεση του νομού σε τέσσερις επαρχίες, Καλαμάτας, Μεσσήνης, Πυλίας και Τριφυλίας, η έκθεση αναπτύσσεται σε αντίστοιχες μεγάλες γεωγραφικές ενότητες, μέσα στις οποίες εντάσσονται οι σημαντικότερες αρχαιολογικές θέσεις με αντιπροσωπευτικά ευρήματα, που προέρχονται είτε από ανασκαφές, είτε από επιφανειακές έρευνες ή ακόμη και από παραδόσεις αρχαίων από τους απλούς πολίτες.
